S
- Sängervereinigung Müllheim e.V.
- SC Baris Müllheim 1995 e.V.
- SC Müllheim e.V.
- Schachfreunde Markgräflerland e.V.
- Schützengesellschaft 1563 Müllheim e.V.
- Schwarzwaldverein Müllheim-Badenweiler e.V.
- Seniorenverband öffentlicher Dienst Baden-Württemberg
- Ski-Zunft Müllheim e.V.
- Söhnlin Keller e.V. Müllheim
- Speläologische Trogloxene Markgräflerland e.V.
- Spielvereinigung Alemannia Müllheim 1908 e.V.
- Sponti-Chor e.V.
- Sportclub Grün-Weiß Vögisheim/Feldberg e.V.
- Sportfreunde Hügelheim e.V.
- Sportschützenverein Weilertal 1924 e.V.
- Sportverein SV Weilertal 1926 e.V.
- Stadtmusik Müllheim e.V.
- Stadtradler Müllheim e.V.
- Start e.V.